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La semaine prochaine marquera le premier anniversaire de la création de l’, qui a fait de l’Institut neurologique de Montréal (INM) le premier établissement au monde à adhérer sans réserve au principe de la scienceÌýouverte, et ce, grâce à un généreux don de la Fondation familiale Lawrence et JudithÌýTanenbaum. Pendant la dernière année, nous avons déployé d’importants efforts dans de nombreux domaines. Ainsi, nous avons créé un dépôt ouvert d’échantillons provenant de patients, planifié l’infrastructure informatique nécessaire pour le partage de vastes corpus de données, mis sur pied des projets ouverts, prometteurs et uniques avec des partenaires de l’industrie pour la découverte de médicaments, et embauché plusieurs chercheurs qui adhèrent pleinement au principe de la science ouverte.

L’année se terminera fort à propos par le lancement de notre propre plateforme d’édition pour la recherche ouverte, appelée et optimisée par F1000. Il est essentiel à mes yeux que notre travail, qu’il se traduise par des résultats fructueux ou non, par la mise au point d’une méthode novatrice, par la description d’un nouveau logiciel important ou par la création d’un nouvel ensemble de données, soit connu de la communauté scientifique rapidement et en toute transparence. Cette plateforme, sur laquelle sont publiés immédiatement les résultats des travaux des chercheurs de l’INM et de leurs collaborateurs ainsi que les données connexesÌý– avant d’être soumis à un processus ouvert de révision par des pairsÌý– contribuera à la réalisation de notre missionÌý: accélérer la découverte de traitements de pointe pour les patients atteints de maladies neurologiques.

La publication des premiers articles de la plateforme Recherche ouverte INM constitue aujourd’hui une nouvelle étape de la démarche que nous avons entreprise pour devenir un institut de science ouverte. Ces trois articles de nos chercheurs et de leurs collaborateurs marquent le lancement de la plateforme et ouvrent la voie à d’autres publications.

Le premier , préparé par mon laboratoire, décrit un anticorps qui possède la capacité de détecter de façon spécifique le domaine polyalanine de protéines codées par des gènes connus pour être pathogènes après augmentation du nombre normal de répétitions de triplets. On sait qu’une expansion du domaine polyalanine est à l’origine d’une certaine forme de trouble musculaire appelé «Ìýdystrophie musculaire oculopharyngéeÌý». On avait également pressentiÌý– avant d’observer ce phénomèneÌý– que les domaines polyalanine interviennent aussi dans les maladies neurodégénératives associées aux expansions de trinucléotides CAG (p.Ìýex., l’ataxie spinocérébelleuse et la maladie de Huntington). L’anticorps dont il est question dans notre article a mis au jour des signaux anormaux du domaine polyalanine dans des tissus et des modèles atteints de ces maladies. Les anticorps étant des outils précieux, l’information permettant de valider l’anticorps a été publiée afin qu’il puisse être reproduit. Bien souvent, la découverte d’anticorps est mal documentée (p.Ìýex., la nature de l’antigène et les conditions de validation). Par ailleurs, certains nouveaux anticorps éventuellement utiles risquent de ne pas être signalés si la portée mondiale des articles dans lesquels les auteurs décrivent leur découverte et son utilisation ne justifie pas leur publication dans des revues spécialisées. Il ne fait aucun doute dans mon esprit que la plateforme F1000 constitue une excellente tribune pour faire connaître cet anticorps capable de reconnaître les domaines polyalanine. Comme cet anticorps n’a reconnu que les seuls domaines polyalanine de longueur pathologique et non les domaines plus courts non pathologiques, un tel outil pourrait se révéler utile pour étudier le rôle de la polyalanine dans d’autres troubles neurologiques.

Le deuxième article porte sur une Ìýconçue par le groupe de PeterÌýMcPherson et permettant de réduire l’expression de certaines protéines dans les neurones au point où elles deviennent indétectables par transfert de western. Cette approche consiste à introduire de petits ARN en épingle à cheveux dans des micro-ARN marqués par une protéine fluorescente et à transférer ce composé dans un lentivirus, lequel transporte le tout dans les neurones. Il s’agit d’un protocole rapide qui, contrairement à d’autres méthodes, ne présente que peu de toxicité, voire pas du tout, pour les cultures de cellules neuronales. Le mode opératoire détaillé décrit dans cet article devrait faciliter l’utilisation de cette méthode par d’autres laboratoires.

Le troisième article, une publication de données brutes préparée par SebastianÌýUrchs, doctorant cosupervisé par AlanÌýEvans au Centre d’imagerie cérébrale de l’INM et l’équipe de PierreÌýBellec à l’Université de Montréal, présenteÌýune segmentation du cerveau en régions stables selon leur connectivité fonctionnelle, et ce, en faisant appel à plusieurs niveaux de résolution. Les chercheurs ont élaboré leur modèle (qu’ils ont appelé «Ìýmodèle de segmentation intrinsèque multirésolutionÌý» ou «ÌýMISTÌý», pour multiresolution intrinsic segmentation template) à partir d’un vaste ensemble de données ouvertes provenant de l’Université Harvard, ce qui montre que nous pouvons tirer parti des pratiques de science ouverte adoptées par les chercheurs d’autres établissements, au même titre qu’eux peuvent tirer parti des nôtres. Cet article mise pleinement sur les possibilités offertes par le Web. Ainsi, les auteurs ont créé un impressionnant tableau de bord interactif qui permet aux lecteurs d’explorer visuellement l’organisation hiérarchique de ces segmentations du cerveau, et plusieurs des images présentées dans la version en ligne sont interactives. Grâce à une telle fonctionnalité, les lecteurs pourront explorer les segments du MIST dans toute leur complexité, sans les contraintes inhérentes aux images traditionnelles et statiques. De telles avancées dans le domaine de la visualisation sont importantes pour le partage ouvert de résultats de recherche dans un contexteÌýcaractérisé par l’explosion de mégadonnées en neurosciences.

Les trois équipes de chercheurs attendent maintenant les commentaires que des experts réviseurs sont invités à formuler dans le cadre d’un processus de , semblable à celui utilisé sur le site F1000Research. Il s’agit d’un processus rigoureux où les rapports signés par les réviseurs seront publiés en marge des articles et pourront être consultés par tous les lecteurs. Cette transparence permettra à ces derniers de mieux évaluer notre travail, favorisera la formulation de critiques constructives et donnera aux réviseurs le crédit qui leur revient pour leur expertise ainsi que pour le temps et les efforts qu’ils auront consacrés à la préparation de leur rapport. Les lecteurs qui souhaitent connaître l’avis des réviseurs sur nos travaux sont invités à utiliser le bouton de suivi de chaque article, qui leur permettra de rester informés sur le processus de révision et grâce auquel ils seront avisés de la publication de nouvelles versions des articles. Une telle transparence permettra aux chercheurs en début de carrière de se familiariser avec le processus de publication d’articles académiques. Ils pourront ainsi acquérir les compétences nécessaires pour partager efficacement les résultats de leurs travaux avec l’ensemble de la communauté scientifique.

Nous avons décidé de publier sur cette plateforme afin que nos données, résultats et méthodes puissent être rapidement et facilement utilisés par d’autres chercheurs dans le cadre de leurs propres travaux visant à mieux comprendre les maladies neurologiques. Nous invitons tous les lecteurs ayant un intérêt pour les neurosciences à s’inscrire (un espace est réservé à cette fin sur chaque page) afin de recevoir une alerte lorsqu’un article susceptible de les intéresser est publié sur cette plateforme. Ils pourront ainsi accéder rapidement aux résultats de recherche et explorer les possibilités de partenariat avec les utilisateurs de nos ressources scientifiques ouvertes.